La Tortuga ha sido relativamente poco estudiada, pero lo que se sabe la señala como un ambiente importante para la conservación.[1]
Manglares y lagunas
Hay bosques de manglar a lo largo de las costas sur y este y en varias lagunas, que dependen del agua de lluvia acumulada en el relieve kárstico de la isla.[1] Las lagunas estudiadas son de agua salada freática y, salvo Los Mogotes, no tienen conexión directa con el mar; las bordean mangle negro (Avicennia germinans) y mangle rojo (Rhizophora mangle).[2] En Punta de Ranchos hay charcas estacionales rodeadas de plantas tolerantes a la sal como Batis maritima, Sesuvium portulacastrum y Salicornia.[2]
En los arenales hay herbazales halófilos extensos y bien conservados, y dunas de arena calcárea colonizadas por arbustos y hierbas.[1]

Aves playeras
La isla está en la ruta de las aves playeras que migran entre Norteamérica y Suramérica. Entre agosto y diciembre, un censo en cinco humedales de la isla y dos cayos (Herradura y Tortuguillo Este) contó 987 individuos de 20 especies.[2] La abundancia fue alta en agosto, septiembre y octubre y cayó en noviembre y diciembre; las especies más importantes fueron el patiamarillo menor (Tringa flavipes) y el playerito occidental (Calidris mauri).[2] El estudio registró por primera vez para las islas venezolanas el correlimos común (Calidris alpina) y el chorlo gritón (Charadrius vociferus).[2]
En total se han registrado al menos 76 especies de aves en la isla, entre ellas migratorias de Norteamérica y varias gaviotas y afines que se reproducen allí.[1]
Tortugas marinas
Venezuela tiene cinco especies de tortugas marinas: verde, caguama, carey, cardón y maní.[3] Según la Fundación Tierra Viva, las cinco usan La Tortuga para alimentarse o anidar, y cuatro de ellas anidan en sus playas.[1] Las fuentes no coinciden en el detalle: Venezuela Tuya cita como especies anidadoras a la cardón, la carey, la verde y la caguama[4], y el visor de WIDECAST marca La Tortuga como sitio de anidación de verde, caguama, carey y cardón, sin cifras.[5] Todas están amenazadas.[1]
Si ves una tortuga o un nido
Mantén distancia, no uses luces sobre la playa de noche y no toques huevos ni crías. La carey está totalmente protegida por la ley venezolana desde 1979.[3]
Arrecifes
La isla tiene importantes arrecifes de coral, manglares exuberantes y extensas praderas de pastos marinos que sostienen una gran biodiversidad.[4] Desde Cayo Herradura, grupos de buceo hacen incursiones a las barreras de coral y a los taludes del sur de la isla.[6]
